MBR突出的特征是占地面積小，耐沖擊負荷，出水水質(zhì)優(yōu)良，自動(dòng)化程度高容易管理，但MBR工藝現在仍然存在的某些問(wèn)題。

1 處理能力降低的風(fēng)險

MBR通常在恒定通量下進(jìn)行，為了持續運行要求MBR不能超過(guò)極限通量,超過(guò)這個(gè)極限會(huì )產(chǎn)生膜污染，那么多余的水就無(wú)法通過(guò)膜孔徑，產(chǎn)水率下降。很多MBR工藝在實(shí)際運行過(guò)程中隨著(zhù)時(shí)間的積累，其處理能力不斷下降，很多水廠(chǎng)的處理能力甚至不足設計之初的50%。美國環(huán)保局認為，如果MBR工藝的進(jìn)水峰值流量超過(guò)平均流量的1.5~2倍，就需設置流量調節池，或者備有大量的膜組件以保證出水水質(zhì)達標。

2 投資成本與運行成本較高

如今，膜組件是MBR處理系統中主要組成部分，同時(shí)也是技術(shù)含量最高及價(jià)值最大的部分,其成本占據整體設備投入的多部分。此外，MBR需要先進(jìn)的設備以滿(mǎn)足其自動(dòng)化的要求，這也增加了其成本。浸沒(méi)式MBR工藝，需加大曝氣強度，造成能耗上升。另外，膜組件壽命有限，達到一定使用年先后需更換膜組件。據分析，國內MBR投資成本在2000~2500元/m3，是傳統活性污泥法項目建設成本的1. 5倍左右。

3 預處理與自控系統設計不足而產(chǎn)生的風(fēng)險

通常MBR工藝需先經(jīng)過(guò)預處理再進(jìn)入膜處理反應器內。預處理不到位或者不經(jīng)預處理便進(jìn)入膜反應器內必會(huì )產(chǎn)生嚴重的后果。MBR工藝自動(dòng)化程度比傳統活性污泥工藝高很多，膜組件需定期清洗、組裝甚至是更換，為保證出水水質(zhì)，對水廠(chǎng)PLC控制系統有較高要求。